RNAi

shRNA/siRNA Solutions


shRNA Clones (GeneCopoeia)
       shRNA Clones
       
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siRNA Generation Kits (Genlantis)
       Turbo Dicer™ siRNA Generation Kit 
       Dicer siRNA Generation Kit
       Recombinant Turbo Dicer Enzyme Kit
       Recombinant Dicer Enzyme Kits
siRNA Reagents (Genlantis)
       siGuard RNase Inhibitor
       TurboScript T7 Transcription Kit
       RNA Purification Column 1 (Removing salts and unincorporated nucleotides )
       RNA Purification Column 2 (Removing undigested dsRNA)
siRNA Transfection (Genlantis)
       GeneSilencer siRNA Transfection Reagent
siRNA, miRNA, DNA/siRNA Transfection (SignaGen)
       GenMute™ siRNA Transfection Reagent
       PepMute™ siRNA Transfection Reagent
       PepMute™ Plus siRNA Transfection Reagent
shRNA Viral Transduction
       shRNA adenoviral particles (SignaGen)
       shRNA adeno-associated viral particles (SignaGen)
       shRNA lentiviral particles (GeneCopoeia)
 
OmicsLink™ shRNA Clone Collection
產品特色__|__應用__|__KD effect檢測方法__|__載體列表
 
提供病毒和非病毒載體的人類、小鼠和大鼠全基因組OmicsLink™ shRNA clone。shRNA序列經由專利演算法設計(19至29個鹼基),用以製備基因表達抑制效率高(knockdown efficiency)且脫靶效應(off-target effect)低的shRNA表達構建體(expression constructs)。

 產   品   特   色
  保證shRNA knockdown效率  
針對每個目標基因提供一組三個表達建構體(expression constructs)和干擾控制組(scrambled control),保證至少一個建構體具有70%以上的基因表達抑制效率(以qRT-PCR進行確認),若無,則可免費更換一次建構體。
  適用所有細胞類型  
使用慢病毒和非病毒載體系統,可以轉染( transfection )或轉導( transduction )shRNA進入一般常見細胞株或難轉染細胞株。
  多種promoters可供選擇  
由pol III promoters (H1&U6)或pol II promoters (CMV、EF1a、CAG和CBh)驅動的shRNA,均具有良好的基因表達抑制效率。
  多樣化遞送形式  
shRNA clone包含三個獨立construct (5 µg purified plasmid/construct)以及一個單獨的干擾控制組(scrambled control)。GeneCopoeia亦有提供shRNA病毒顆粒(Lenrivirus&AAV)客製化服務。
  Markers和reporters  
載體上帶有mCherry 或 eGFP報告基因,用於監測轉染(transfection)或轉導(transduction)效率。可使用puromycin篩選穩定表達細胞(stable cell)。
  完整定序的expression cassettes  
所有shRNA clones的expression cassette皆經過完整定序,包括promoter、 sense and antisense target sequences、 hairpin、terminator以及其他的linker。

 應      用
  Single gene down-regulation  
以干擾控制組(scrambled control)為對照,研究shRNA clone對單個基因表達的抑制效果。
  Pathway analysis  
GeneCopoeia將shRNA clone按照不同的信號傳導、代謝、疾病途徑以及基因家族等進行分類,並將已知同一路徑的shRNA clone以96孔或384孔盤的形式排列在一起,可一次研究一組基因在某一訊息傳導途徑中的功能。
  Validation studies  
OmicsLink™ expression ready ORF cDNA clones和在shRNA目標序列帶有沉默突變(silent mutations)的ORF clone搭配使用,可用於shRNA驗證研究以及相對目標基因/蛋白質的功能拯救研究(functional rescue studies)。

 shRNA expression clone對基因表達抑制效率的檢測方法
  qRT-PCR  
shRNA clone的表達會導致目標基因所轉錄的mRNA被切割和降解,從而降低蛋白質的表達量。因此,建議使用qRT-PCR作為檢測基因表達抑制效率的第一步。GeneCopeia亦有提供驗證過的對應目標基因(以及其他已知的transcripts)之qRT-PCR primers。
  Western blot analysis  
大多數情況下,檢測shRNA對基因表達的抑制效率需要用西方墨點法(Western blot)來檢測蛋白質表達量。
  Functional assays  
基於每種基因/蛋白質的潛在作用,可使用生物學及生物化學的終點分析法(end-point assays)檢測基因表達抑制效率,如細胞增殖、集落形成、細胞週期分析、細胞遷移等。
  Functional assays by a reporter gene/protein  
當研究的目標基因內源轉錄物表達水平很低,且無法使用qRT-PCR和西方墨點法檢測時,可藉由共轉導(co-transduction) shRNA clone和一個帶有報告基因的目標基因expression clone來進行基因表達抑制效率的檢測。帶有報告基因的目標基因expression clone會轉錄出由目標基因ORF和報告基因ORF組成的嵌合mRNA轉錄物(chimeric mRNA transcript),報告基因上編碼有可用於功能測定的報告蛋白酶,當目標基因mRNA受到shRNA的破壞,同時會造成報告基因mRNA的降解,從而導致報告蛋白酶的表現量下降。因此基因表達抑制效率可以用報告蛋白酶的活性分析結果來進行量化。









shRNA(psi-sH1載體)對人激酶家族成員的基因表達抑制效率之驗證。psiCheck-AP載體以CMV為啟動子,包括目標激酶的ORF和用於比色測定的鹼性磷酸酶(alkaline phosphatase, AP)基因。A. 通過比色測定法定量鹼性磷酸酶(AP)在沒有shRNA的情況下的活性。B. 共轉染shRNA和AP ORF expression clones,AP-ORF的嵌合mRNA被shRNA破壞,導致鹼性磷酸酶(AP)的轉譯及活性降低。


 OmicsLink shRNA vectors
  • 非病毒載體
Vector Promoter Selection Marker Reporter Gene Viral type
psi-H1 H1 Puromycin eGFP N/A
psi-U6 U6 Puromycin eGFP N/A
psi-mH1 H1 Puromycin mCherry N/A
psi-mU6 U6 Puromycin mCherry N/A
psi-nH1 H1 Puromycin N/A N/A
psi-nU6 U6 Puromycin N/A N/A
  • 病毒載體
Vector Promoter Selection Marker Reporter Gene Viral type
psi-H1 H1 Puromycin eGFP N/A
psi-U6 U6 Puromycin eGFP N/A
psi-mH1 H1 Puromycin mCherry N/A
psi-mU6 U6 Puromycin mCherry N/A
psi-nH1 H1 Puromycin N/A N/A
psi-nU6 U6 Puromycin N/A N/A
psi-LVRH1GP H1 Puromycin eGFP HIV
psi-LVRU6GP U6 Puromycin eGFP HIV
psi-LVRH1MP H1 Puromycin mCherry HIV
psi-LVRU6MP U6 Puromycin mCherry HIV
psi-LVRH1P H1 Puromycin N/A HIV
psi-LVRU6P U6 Puromycin N/A HIV
psi-LVRU6GH U6 Hygromycin EGFP HIV
psi-LVRH1GH H1 Hygromycin EGFP HIV
psi-LVRU6MH U6 Hygromycin mcherry HIV
psi-LVRH1MH H1 Hygromycin mcherry HIV
psi-LVRU6H U6 Hygromycin N/A HIV
psi-LVRH1H H1 Hygromycin N/A HIV
psi-LVE001 CMV Puromycin eGFP HIV
psi-LVE002 CMV Puromycin mCherry HIV
psi-LVE003 EF1a Puromycin eGFP HIV
psi-LVE004 EF1a Puromycin mCherry HIV